エンジニアの給与や開発会社への支払を、すべてその年の経費にしてよいのか。SaaSやアプリを開発する会社にとって、この判断は利益だけでなく税金と資金繰りを左右します。「まだ売上がない」「開発と呼んでいる」「会計上は研究開発費にした」という事情だけでは、税務の処理は決まりません。まず何を作り、誰がどう使い、どの作業に支出したのかを分ける必要があります。

1．最初に分けるのは、支払先よりもソフトウェアの使い方

同じ開発会社に頼んだ仕事でも、顧客へ納品する受注制作、複製販売する製品の原本、自社がサービスを提供する基盤、自社の業務を効率化するシステムでは検討の出発点が異なります。「アプリ開発費」という一つの勘定に集めたままでは、必要な判断ができません。

特に、自社でソフトウェアを動かして顧客にサービスを提供するSaaSは、顧客向けの事業だから必ず「市場販売目的のソフトウェア」になるとは限りません。ソフトウェアそのものの複製を販売するのか、自社で利用してサービスの対価を得るのかを確認します。会計上の自社利用には、こうしたサービス提供も含まれ得ます。企業会計基準委員会「研究開発費及びソフトウェアの会計処理に関するQ＆A」

契約名やチーム名だけで決めず、成果物、権利の帰属、サービス提供の仕組み、利用開始の予定を一枚にまとめます。事業部門は「誰に何を売るか」、開発部門は「何を作るか」、経理は「どの原価を集計するか」を説明できる状態にすると、決算間際の手戻りを減らせます。

2．会計の資産計上基準を、そのまま税務に移さない

日本基準の会計では、研究開発費は原則として発生時の費用となり、自社利用ソフトウェアでは将来の収益獲得または費用削減の確実性が資産計上の判断に関わります。企業会計基準委員会「研究開発費及びソフトウェアの会計処理に関する実務指針」

税務上、自社製作ソフトウェアの取得価額は、製作に要した材料費、労務費、経費と、事業利用のために直接必要な費用が基本です。外注費だけでなく、開発に従事した社員の人件費も検討対象になります。国税庁「ソフトウエアの取得価額と耐用年数」

さらに重要なのが、自社利用ソフトウェアの研究開発費について取得価額に入れないことができる範囲です。国税庁の基本通達では、将来の収益獲得または費用削減にならないことが明らかな場合という基準を置いています。「収益になるとまだ確実にはいえない」という会計上の判断と同じではありません。法人税基本通達7－3－15の2・7－3－15の3

したがって、会計では赤字でも、税務調整によって欠損金が小さくなったり課税所得が生じたりすることがあります。反対に、全支出を機械的に資産化するのも適切ではありません。研究の内容、不要となった試作部分、制作に直接関係しない支出などを分け、どのルールを適用したかを記録します。

3．「新機能」「保守」「失敗した試作」を一括にしない

既存ソフトウェアの不具合を除去し、現在の効用を維持する修正と、新機能を追加し性能を高める改修は区別します。税務上、前者は修繕費、後者は資本的支出となるのが基本です。研究開発費に当たる場合などの別途の検討も必要です。国税庁・ソフトウエアに係る資本的支出と修繕費

例えば「既存ユーザーがログインできない不具合を直す」と「新しい本人確認機能を追加する」は、同じスプリントに入っていても目的が違います。請求書が「開発業務一式」だけの場合でも、仕様書やチケット、作業報告で内訳を説明できるようにします。大規模な改修が新しいソフトウェアの制作なのか、既存資産への資本的支出なのかも別の論点です。

計画変更などで不要になったことが明らかな仕損じに係る費用は、取得価額に入れないことができるものとして国税庁が挙げています。国税庁・取得価額に算入しないことができる費用ただし、ピボットしたから以前の開発費が全部消えるわけではありません。共通基盤やコードを引き続き利用する部分と、完全に不要になった部分を区別します。

管理上は「新規制作」「機能追加」「保守」「技術検証」「中止・廃棄候補」といった作業区分を設け、月ごとに担当者の工数と外注費を対応させると便利です。この区分名だけで税務処理が確定するわけではありませんが、後から事実を追える資料になります。毎日すべてを細かく分類できなくても、合理的な基準を決めて継続することが重要です。

4．資産にすると、支払と費用計上の時期がずれる

税務上のソフトウェアの耐用年数は、複写販売用の原本や研究開発用では3年、その他は5年です。サービス提供用のソフトウェアだから必ず3年、というものではありません。国税庁・ソフトウエアの耐用年数

説明用に、取得価額1,200万円の自社利用ソフトウェアを、5年の定額法で償却し、12か月決算の期首から事業に使用した場合を考えます。税務上の償却限度額は年240万円が基本となり、1,200万円の支払とその年の損金は一致しません。適切な損金経理等の要件を満たすことを前提とした例です。

期中から使用した場合は使用月数を考慮します。供用開始日は請求書発行日や支払日だけで決めるのではなく、本来の目的に沿って利用を開始した状況から判断します。国税庁「事業の用に供した日」テスト公開、有料版の開始、社内利用の開始が別の日なら、それぞれの実態と判断の理由を残します。

資産計上は、出ていった現金を戻す処理ではありません。決算書の利益が改善して見えても、支払余力が増えるわけではないため、取締役会資料では開発支出、会計上の費用、税務上の損金を並べて説明します。月次の予算でこの三つを分けておくと、期末の税額見直しに対応しやすくなります。

5．開発の意思決定と税務の証拠をつなぐ

準備しておきたいのは、開発計画、仕様変更の記録、社員の工数、外注契約と検収資料、利用開始の記録、中止判断の議事録です。すべてを税務のために作り直すより、既存のプロジェクト管理記録と会計伝票がつながる番号を付ける方法が実務的です。費用がどの製品・機能に対応するか分からない状態を避けます。

研究開発税制の税額控除は、ここで説明した費用処理・資産計上とは別に判定します。会計上の研究開発費、税務上の損金、税額控除の対象となる試験研究費は同じ言葉ではありません。税務上資産になることだけを理由に、研究開発税制の対象外と即断するのも適切ではありません。国税庁・研究開発税制改正との関係適用要件や申告明細は個別に確認します。

開発予算を決める時点で、代表者、開発責任者、経理、税理士が同じ資料を確認することをお勧めします。年度末に「利益を減らしたいから研究費」「資金調達に見栄えがよいから資産」と結論から処理を選ぶのではなく、実際の制作内容に沿って判断するためです。国内税務のご相談では、開発工程と原価集計を踏まえて論点を整理できます。

制度・資料は2026年10月31日時点で確認。数値例は説明用の仮定です。