「会社を1億円で売った」と聞くと、経営者の銀行口座に1億円が入ったように感じます。しかし、売ったのが株式か事業かで、お金を受け取る人も、税金のかかり方も変わります。

M&Aで比べたいのは、売却価格だけでなく、税金を払った後に誰の手元にいくら残るかです。 さらに、そのお金を個人の生活に使うのか、会社で次の事業に投資するのかによって、望ましい売り方も変わります。

株式を売るのは株主、事業を売るのは会社

日本に住む個人が、国内の非上場会社の株式を100%持っている場合を考えます。第三者への株式譲渡と、その会社自身による事業譲渡を比べると、最初のお金の流れは次のようになります。

株式譲渡では会社自体が入れ替わるわけではありません。株主が変わっても、事業を営む法人は同じです。一方、事業譲渡では、何を移すかを契約で定めます。契約、雇用、許認可、債務などの引継ぎは、対象ごとの手続を確認する必要があります。税率だけを見て自由に同じ条件へ置き換えられる取引ではありません。

事業譲渡の労働契約については、厚生労働省の組織再編・事業譲渡の解説が、本人の真意による承諾を求めています。許認可の確認は中小PMIガイドラインの具体的な取組にも整理されています。

事業譲渡なら「欲しいものだけを買えば過去の責任はすべて切れる」と決めつけるのも危険です。商号を引き続き使う場合などの責任や、債務の引受け方を含め、契約と会社法22条等の両方を確認します。株式譲渡なら会社ごと引き継ぐため、帳簿に表れない債務まで調べるデューデリジェンスが特に重要になります。

1億円で売ったときの違いを、同じ表で見る

次は仕組みを理解するための独立した仮例です。実際の案件の再現でも、税額の見積りでもありません。

個人が1,000万円を出資して設立した会社に、税務上の簿価1,000万円の事業用資産だけがあり、借入金や余剰現金はないとします。その全株式を1億円で売る場合と、会社がその事業を1億円で売る場合を比べます。株式の取得費と事業資産の簿価を、説明のため同額にそろえています。

2026年の取引とし、個人の他の所得・特例の影響はなく、法人段階の税負担は計算を簡単にするため利益の30%と仮定します。法人の30%は法定の一律税率ではありません。 手数料、消費税、清算費用などもこの表では省いています。

右側の0円は、経営者の財産が消えたという意味ではありません。経営者は、7,300万円の現金を持つ会社の株式を引き続き保有しています。ただし、その会社のお金を、そのまま個人の生活費として使えるわけではありません。

左側の取得費1,000万円は過去に払った出資金です。売却益の計算では差し引きますが、売却時の入金からもう一度支払うものではないため、現在の手元現金の計算では二重に引きません。

また、実際には買い手の取得後の税負担や、引き継ぐ負債・リスクも価格に影響します。上の1億円を双方でそろえたのは課税の段階を見せるためであり、市場で株式と事業に必ず同じ値段が付くという前提ではありません。

個人の株式譲渡は、代金ではなく利益に課税する

通常の株式譲渡では、売却代金から取得費と譲渡に係る手数料等を差し引いた利益に課税します。2026年の基本税率は、所得税15%、復興特別所得税0.315%、住民税5%の合計20.315%です。国税庁「株式等を譲渡したときの課税」

取得費を確認するには、設立時の払込み、その後の増資、他の株主から買った記録をたどります。会社の帳簿に載る純資産額と、株主個人の株式取得費は別の数字です。国税庁「譲渡した株式等の取得費」

非常に高額の所得には、通常の計算とは別に追加負担を求める措置があります。2026年度改正では、2027年分以後について、その計算上の特別控除額を3.3億円から1.65億円に、税率を22.5%から30%に変更しています。これは株式の売却益が一律30%課税になるという意味ではありません。所定の計算額と通常の所得税額を比較して追加額を求める仕組みで、20.315%に30%をそのまま足す計算でもありません。売却年と他の所得を含めて判定します。財務省「令和8年度税制改正」

会社から個人へ渡すと、次の税金を考える必要がある

事業譲渡後の会社にお金が残れば、その会社で次の事業へ投資するという選択ができます。個人へ渡す場合は、その渡し方まで試算しなければなりません。

例えば非上場会社から個人株主への配当は、原則として他の所得と合わせて税額を計算する総合課税です。株式譲渡益と同じ20.315%で終わるものではありません。配当控除なども考慮するため、本人の所得に応じて結果が変わります。国税庁「配当金を受け取ったとき」

二段階の課税がどう重なるか、先ほどの仮例のうち売却益9,000万円だけを取り出してみます。法人段階で30%の税金を払い、残った利益6,300万円を全額、適法に配当できると仮定します。配当によって個人に増える税額を、その配当額に対して30%、40%、50%の3通りに仮置きした感度分析です。これらも実際の適用税率の提示ではありません。

比較として、株式譲渡の利益9,000万円に20.315%を適用すると、税引後の利益部分は7,171万6,500円です。上表は利益部分だけの比較で、会社に残る当初の1,000万円の扱い、清算や資本の払い戻しは含めていません。配当税の仮定を置いた表から、実際の個人の最終手取りを断定してはいけません。

ここで伝えたいのは、会社の税率と個人の税率を単純に足すことではなく、会社の納税後の利益を個人へ移すと、もう一段の負担が生じ得るという構造です。

退職する経営者への退職金も検討対象ですが、売却代金に「退職金」という名前を付ければよいわけではありません。会社側の損金算入は適正額などの条件を確認し、本人側でも勤続年数や退職の実態を検討します。役員等の勤続年数が5年以下の一定の退職金には、通常の2分の1課税が適用されません。国税庁「役員の退職金の損金算入時期」、「特定役員退職手当等」

会社から退職金を払えば会社の現金も減ります。株式の売却価格への影響と合わせて比べる必要があります。

消費税と、買い手が何を引き継ぐかも違う

株式の譲渡は消費税の非課税取引です。一方、事業譲渡では、建物や設備などの課税対象資産と、土地などの非課税資産を分けて考えます。契約書の「総額」が税込か税抜か、何にいくらを配分したかを確認します。国税庁「非課税となる取引」、「事業用の固定資産等の売却」

買い手にとっても、株式を取得する場合と、事業用資産を直接取得する場合では、取得後の税務計算が同じとは限りません。売り手に有利な方法だけを提示しても、買い手が同じ価格で応じるとは限らない理由の1つです。個人の手取り、会社に残る現金、買い手の総負担を別々に出して、交渉可能な条件を探します。

1.76億円の事業譲渡では、代金は会社が受け取る

スマレジは2024年5月1日、リグアから接骨院向けソフトウェア「レセONEプラス」事業を譲り受けました。事業の譲受価格は1億7600万円、決済方法は現金と開示されています。対象はソフトウェアの開発・保守・販売であり、リグアの全株式の取得ではありません。スマレジの2024年4月期決算短信、添付資料p.12

この場合、売り手は事業を保有するリグアです。会社に入る事業代金と、その株主個人が受け取るお金は別になります。公表された価格だけでは、売り手の課税所得や株主の手取り額までは計算できません。

実際の案件でも、契約上の売り手、売る対象、代金の受取先を先に確認します。ここが分かれば、会社の課税と株主個人の課税を混ぜずに検討できます。

コラム：売却で、お金と時間の使い方が変わる

小冊子『これで安心！M&Aを成功させる10のチェックポイント』の「M&Aの破壊力」「M&Aとその後」では、売却価格だけでなく、経営者のその後の人生へ視点を広げました。この視点は、税引後で考えると一層はっきりします。

例えば、税金と生活費を払った後に毎年400万円を蓄えられる経営者が、売却で税引後8,000万円を受け取るとします。単純に割れば20年分の蓄積に相当します。これは別の仮例で、投資収益、物価変動、お金の時間価値は考慮していません。

20年かけて積み上げるお金を先に持つことは、次の起業、家族との時間、働き方の変更に使える選択肢を増やします。ただし、売却によって将来の配当や企業価値の上昇を享受する権利も手放します。会社を持ち続ければ、さらに大きく成長する可能性もあります。

したがって、この割り算は「売った方が得」という証明ではありません。売却する場合と保有する場合を、同じ期間、税引後、将来の不確実性をそろえて考える入口です。売却後のお金を運用すれば、運用損失の可能性も引き受けます。

最後は、自由に使えるお金まで計算する

手取り表は、価格から税金を引くだけで終わらせず、次の順で作ります。

1. 価格が事業価値か株式価値かを確認する。調整の詳細は企業価値評価の記事で解説します。
2. 株主ごとの権利と売却持分から、本人の対価を求める。
3. 確定した代金と、業績条件などが付いた将来の追加代金を分ける。
4. 費用、税金、支払時期を入れ、現金が不足する時期がないかを見る。
5. 補償などに備える資金、生活資金、次の事業資金を確保する。

条件付きの追加代金や分割入金は、納税時期まで同じように後ろへずれるとは限りません。権利の確定時期を契約に沿って検討します。売却後に残る責任は表明保証・補償・個人保証の記事で扱います。

税理士がM&Aに早く関与する意味は、この税引後の全体像を、売り方を決める前に描くことにあります。経営者の次の人生を支えるのは、契約書の大きな数字ではなく、条件を確認し、納税資金を確保した後の使えるお金だからです。