組織再編の税務

非適格合併になると税務上何が起きるのか

本稿では、非適格合併で資産を移す被合併法人側の取扱いと、受け入れる合併法人側の調整勘定を分けて整理します。調整勘定の具体的な計算に必要な政令の細目までは扱いません。

条文の定義

非適格合併とは、合併のうち、法人税法2条が定める適格合併の要件に当てはまらないものをいいます。要件そのものは適格合併の要件で確認できますので、ここでは要件に当てはまらなかった場合に条文がどう扱うかを見ていきます。

法人税法62条の8は、適格合併に該当しない合併などをまとめて「非適格合併等」と呼び、次のように定めています。

非適格合併等(適格合併に該当しない合併又は適格分割に該当しない分割、適格現物出資に該当しない現物出資若しくは事業の譲受けのうち、政令で定めるものをいう。以下この条において同じ。)

適格合併に該当しない合併、適格分割に該当しない分割、適格現物出資に該当しない現物出資、事業の譲受けのうち、政令で定めるものをまとめて非適格合併等と呼び、そのうち合併にあたるものが非適格合併です。組織再編税制の中での位置づけは組織再編税制の全体像で確認できます。

骨格

論点 条文の定め
資産・負債の移転 時価による譲渡があったものとして所得を計算する(62条)
譲渡損益の帰属時期 被合併法人の最後事業年度の益金・損金に算入する(62条)
資産調整勘定 対価の額が時価純資産価額を超える部分を計上する(62条の8)
退職給与負債調整勘定 退職給与債務引受けをした場合に計上する(62条の8)
短期重要負債調整勘定 おおむね三年以内に履行が見込まれる重要な債務を引き受けた場合に計上する(62条の8)
差額負債調整勘定 対価の額が時価純資産価額に満たない場合の不足額を計上する(62条の8)
資産調整勘定・差額負債調整勘定の取り崩し 六十で除した金額を事業年度の月数分ずつ均等に減額する(62条の8)
適格合併等を行った場合 適格合併なら資産調整勘定全部と負債調整勘定(退職給与のみ限定)、適格分割・適格現物出資なら負債調整勘定の一部(退職給与・短期重要のみ)を合併法人等に引き継ぐ(62条の8)

非適格合併になると資産と負債はどう扱われるのか

法人税法62条は、合併により資産・負債を移転したときの扱いを定めています。

内国法人が合併又は分割により合併法人又は分割承継法人にその有する資産又は負債の移転をしたときは、当該合併法人又は分割承継法人に当該移転をした資産及び負債の当該合併又は分割の時の価額による譲渡をしたものとして、当該内国法人の各事業年度の所得の金額を計算する。

つまり、被合併法人が持っていた資産や負債は、帳簿価額のまま引き継がれるのではなく、合併の時の価額、つまり時価で合併法人に譲渡されたものとして扱われます。この譲渡によって生じる利益や損失について、62条は続けて次のように定めています。

合併により合併法人に移転をした資産及び負債の当該移転による譲渡に係る譲渡利益額(当該合併の時の価額が当該譲渡に係る原価の額を超える場合におけるその超える部分の金額をいう。)又は譲渡損失額(当該譲渡に係る原価の額が当該合併の時の価額を超える場合におけるその超える部分の金額をいう。)は、当該合併に係る最後事業年度(被合併法人の合併の日の前日の属する事業年度をいう。次条第一項において同じ。)の所得の金額の計算上、益金の額又は損金の額に算入する。

時価が原価を上回れば譲渡利益額、下回れば譲渡損失額となり、いずれも被合併法人の最後事業年度の益金または損金に算入されます。株主が受け取る対価への課税は、組織再編と株主の課税で扱っています。

完全支配関係内の非適格合併には、別の調整があります

非適格合併であっても、含み益に必ずその場で課税されるとは限りません。完全支配関係にある内国法人(いずれも普通法人又は協同組合等)間で、法人税法61条の11の「譲渡損益調整資産」が移転する場合には、同条1項により譲渡利益額を損金に、譲渡損失額を益金に算入する調整があります。同条7項は、合併法人の取得価額からその譲渡利益額を除き、又は譲渡損失額を加えると定めています。

対象は政令の除外に該当しない一定の資産に限られます。例えば、完全支配関係内の非適格合併で対象の土地を移すときは、この調整を検討します。これは適格合併とは別の規定であり、すべての資産・負債を一律に帳簿価額で引き継ぐ説明に置き換えることはできません。

資産調整勘定とは何か

合併法人の側では、非適格合併等により交付した対価の額が、移転を受けた資産・負債の時価純資産価額を超える場合に、資産調整勘定が計上されます。具体的な範囲や超過部分の扱いは、62条の8に定められています。

対価の額と時価純資産価額との差額がそのまま資産調整勘定になるわけではなく、計算方法は施行令の確認が必要です。

負債調整勘定にはどんな種類があるのか

対価の額が時価純資産価額に満たない場合や、被合併法人等から特定の負担を引き継ぐ場合には、負債調整勘定が計上されます。62条の8は、負債調整勘定を3つの類型に分けて定めています。

退職給与負債調整勘定

合併法人が、被合併法人等から引継ぎを受けた従業者について退職給与債務引受けをした場合に計上されます。62条の8は、退職給与債務引受けについて次のように定めています。

当該内国法人が当該非適格合併等に伴い当該被合併法人等から引継ぎを受けた従業者につき退職給与債務引受け(非適格合併等後の退職その他の事由により当該非適格合併等に伴い引継ぎを受けた従業者に支給する退職給与の額につき、非適格合併等前における在職期間その他の勤務実績等を勘案して算定する旨を約し、かつ、これに伴う負担の引受けをすることをいう。以下この条において同じ。)をした場合

単に従業員を引き継いだだけでは足りず、在職期間などを勘案して算定する旨を約した場合に限られます。

短期重要負債調整勘定

移転を受けた事業に関わる将来の債務のうち、一定の要件を満たすものを引き受けた場合に計上されます。62条の8は次のように定めています。

当該内国法人が当該非適格合併等により当該被合併法人等から移転を受けた事業に係る将来の債務(当該事業の利益に重大な影響を与えるものに限るものとし、前号の退職給与債務引受けに係るもの及び既にその履行をすべきことが確定しているものを除く。)で、その履行が当該非適格合併等の日からおおむね三年以内に見込まれるものについて、当該内国法人がその履行に係る負担の引受けをした場合

利益に重大な影響を与える債務で、履行がおおむね三年以内に見込まれることが必要です。

差額負債調整勘定

対価の額が時価純資産価額に満たないときは、その満たない部分について差額負債調整勘定が計上されます。62条の8は次のように定めています。

当該非適格合併等に係る非適格合併等対価額が当該被合併法人等から移転を受けた資産及び負債の時価純資産価額に満たないときは、その満たない部分の金額は、負債調整勘定の金額とする。

調整勘定はいつ、どう取り崩すのか

資産調整勘定と差額負債調整勘定は、一定の期間にわたって均等に取り崩す定めがあります。62条の8は、資産調整勘定について次のように定めています。

各資産調整勘定の金額に係る当初計上額(非適格合併等の時に同項の規定により当該資産調整勘定の金額とするものとされた金額をいう。)を六十で除して計算した金額に当該事業年度の月数(当該事業年度が当該資産調整勘定の金額に係る非適格合併等の日の属する事業年度である場合には、同日から当該事業年度終了の日までの期間の月数)を乗じて計算した金額

当初計上額を六十で除した金額に、その事業年度の月数を乗じて計算した金額を、各事業年度で減額していきます。62条の8は、差額負債調整勘定についても同様の計算方法を定めています。取り崩した金額は、次のように扱われます。

前項の規定により減額すべきこととなつた資産調整勘定の金額に相当する金額は、その減額すべきこととなつた日の属する事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。

一方、退職給与負債調整勘定と短期重要負債調整勘定は、期間による均等償却ではなく、取り崩しの事由が生じたときに減額します。短期重要負債調整勘定について、62条の8は次のように定めています。

短期重要債務見込額に係る損失が生じ、若しくは非適格合併等の日から三年が経過した場合又は自己を被合併法人とする合併(適格合併を除く。)を行う場合若しくはその残余財産が確定した場合

損失が生じた場合のほか、三年経過時にも取り崩しの対象になります。取り崩した金額の扱いについて、62条の8は次のように定めています。

前二項の規定により減額すべきこととなつた負債調整勘定の金額に相当する金額は、その減額すべきこととなつた日の属する事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。

なお、内国法人が自己を被合併法人、分割法人又は現物出資法人として適格合併等を行った場合には、調整勘定を消滅させず引き継ぐ定めもあります。62条の8は次のように呼んでいます。

内国法人が自己を被合併法人、分割法人又は現物出資法人とする適格合併、適格分割又は適格現物出資

引き継ぐ範囲は区分によって異なります。適格合併の場合は資産調整勘定と短期重要負債調整勘定・差額負債調整勘定の全部を引き継ぎますが、退職給与負債調整勘定は政令で定める部分の金額に限られます。適格分割・適格現物出資の場合は資産調整勘定を引き継がず、負債調整勘定も退職給与負債調整勘定と短期重要負債調整勘定の一部に限られ、差額負債調整勘定は対象外です。62条の8は次のように定めています。

前項の規定により合併法人等が引継ぎを受けた資産調整勘定の金額並びに退職給与負債調整勘定の金額、短期重要負債調整勘定の金額及び差額負債調整勘定の金額は、それぞれ当該合併法人等が同項の適格合併等の時において有する資産調整勘定の金額並びに退職給与負債調整勘定の金額、短期重要負債調整勘定の金額及び差額負債調整勘定の金額とみなす。

引き継いだ合併法人等は、その金額を非適格合併等の時ではなく、適格合併等の時において有していたものとみなされます。減額の計算方法は62条の8により政令に委ねられています。

実務で迷いが生じるところ

  • 資産調整勘定に計上できる金額は「政令で定める部分の金額」に限られるため、対価の額と時価純資産価額の差額が、そのまま資産調整勘定になるとは限りません。
  • 短期重要負債調整勘定は「その履行が当該非適格合併等の日からおおむね三年以内に見込まれるもの」に限られています。
  • 退職給与負債調整勘定は「退職給与債務引受け」をした場合に限られており、単に従業員を引き継いだだけでは計上されません。
  • 資産調整勘定・差額負債調整勘定は期間による均等償却である一方、退職給与負債調整勘定・短期重要負債調整勘定は取り崩しの事由が生じたときに減額する仕組みであり、取り崩しの考え方が勘定ごとに異なります。
  • 自己を被合併法人として適格合併等を行った場合は、調整勘定を消滅させず合併法人等に引き継ぐ定めがあるため、非適格合併等で計上した調整勘定がその後も残り続けることがあります。
  • 法人税法62条は資産・負債を移転する被合併法人側の扱いを、法人税法62条の8は資産・負債を受け入れる合併法人側の調整勘定を、それぞれ定めています。非適格合併ではこの両方が同時に適用されるため、適格合併の要件に当てはまるかどうかの確認が前提になります。

根拠条文

本稿は2026年9月7日時点の法令に基づく一般的な解説です。実行の前に必ず個別にご相談ください。

記載には注意を払っていますが、誤りにお気づきの際はお問い合わせよりご一報いただけると幸いです。

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