税務調査には終わり方が決まっています。国税通則法第七十四条の十一（調査の終了の際の手続）です。

終わり方が3つに分かれること、そして終わったあとに再び調査が来る場合の要件まで書いてあることを押さえておきます。

終わり方は3つ

1. 更正決定等をすべきと認められない場合

第一項です。実地の調査の結果、更正決定等をすべきと認められない場合には、税務署長等は納税義務者に対し、その時点において更正決定等をすべきと認められない旨を書面により通知するものとされています。

いわゆる是認通知です。ポイントが2つあります。

• 書面であること
• 「その時点において」と限定されていること

第一項が適用されるのは「国税に関する実地の調査を行つた結果」の場合です。書面が届く相手は、納税義務者であって、かつ「当該調査において質問検査等の相手方となつた者」です。

2. 更正決定等をすべきと認める場合

第二項です。この場合、当該職員は納税義務者に対し、調査結果の内容を説明するものとされています。

括弧書きで「更正決定等をすべきと認めた額及びその理由を含む」とされています。額だけでなく理由も説明の対象です。

条文は「説明する」であり、書面によることを求めていません。第一項の是認通知が「書面により通知」と明記されているのと対照的です。

3. 修正申告の勧奨

第三項です。第二項の説明をする場合、当該職員は修正申告または期限後申告を勧奨することができるとされています。

そしてこの場合、次の説明と書面の交付が義務づけられています。

当該調査の結果に関し当該納税義務者が納税申告書を提出した場合には不服申立てをすることはできないが更正の請求をすることはできる旨を説明するとともに、その旨を記載した書面を交付しなければならない。

ここは条文の作りとして重要です。修正申告を出すと、不服申立てはできなくなる。しかし更正の請求はできる。この二段構えを説明し、書面で交付することが職員の義務になっています。

修正申告に応じるか、応じずに更正処分を受けて争うか。この分岐は、この書面を受け取る場面で発生します。

税理士に対して行うこともできる

第四項は、実地の調査により質問検査等を行った納税義務者に税務代理人がある場合において、納税義務者の同意があるときは、第一項から第三項までの通知・説明・交付に代えて、税務代理人への通知等を行うことができるとしています。

「代えて」です。両方に行われるわけではありません。

終わってからまた来ることがある

第五項です。ここが実務では見落とされがちなところです。

是認通知をした後、または調査結果の説明を受けて修正申告書・期限後申告書を提出した後、あるいは更正決定等をした後であっても、当該職員は新たに得られた情報に照らし非違があると認めるときは、質問検査等を行うことができます。

つまり「終わりました」の通知は、その税目・その期間についての再調査を永久に封じるものではありません。第一項の文言が「その時点において」と限定されているのは、この第五項と対応しています。

要件は「新たに得られた情報に照らし非違があると認めるとき」です。この要件が満たされているかどうかは、実際に再度の調査を受けたときに問題になります。

実務でよく相談を受ける点

• 説明された内容と、こちらの認識が食い違う場合にどうするか。第二項の説明は口頭で足りるため、記録を残すかどうかで後が変わります。
• 修正申告を出すか、更正処分を受けるか。争う気があるかどうかで結論が変わります。第三項の書面はこの判断のために交付されます。
• 是認通知が来ないまま調査が立ち消えになっている場合の扱い。

この分岐は取り返しがつかないことがあります。修正申告書に判を押す前にご相談ください。

根拠条文

• 国税通則法第74条の11（調査の終了の際の手続）

条文の見出しは e-Gov 法令検索の法令データで確認しています。